譲渡損益調整資産について被合併法人において譲渡損益を計上することはありません。合併法人に帳簿価額で移転することとなっています。
合併法人の株式以外の資産を合併対価とするような非適格合併につきましては、原則として資産の移転は時価で譲渡したものとして譲渡損益を計上し、所得の金額の計算上、益金または、損金の額に算入することとなっています（法人税法第62条）。ただし、グループ会社間での非適格合併により、譲渡損益調整資産を移転したときには、譲渡損益は繰り延べることができます（法人税法第61条の13第1項）。
被合併法人がその非適格合併による譲渡損益調整資産の移転につき、譲渡損益の繰延制度の適用を受けることになったときは、譲渡損益調整資産に係わる譲渡利益額に相当する金額は、合併法人の譲渡損益調整資産の取得価額に算入しません。譲渡損益調整資産に係わる譲渡損失額に相当する金額は、合併法人の譲渡損益調整資産の取得価額に算入すると定められています（法人税法第61条の13第7項）。
つまりグループ会社間での非適格合併のときは、譲渡損益調整資産については被合併法人において譲渡損益を計上することはなく、合併法人に帳簿価額で移転することとなっています。
